войти
NGS секвенатор Ion Torrent Ion GeneStudio ™ S5 Prime System
Описание
Секвенатор Ion GeneStudio S5 Prime System - самый высокопроизводительный секвенатор с возможностью анализа до 50 Гб данных в день (260 млн прочтений), на основе полупроводников (NGS) определяется последовательность ДНК методом основанным на обнаружении ионов водорода, которые выделяются во время полимеризации ДНК при этом изменяется уровень pH в ячейке чипа. Цикл за циклом прибор детектирует и документирует эти изменения, напрямую оцифровывая биологическую молекулу ДНК. Секвенирование происходит на чипе, который содержит десятки миллионов ячеек, реакция в которых проходит параллельно, что позволяет за короткое время получить большой объем информации.Эта технология отличается от других технологий секвенирования тем, что не использует модифицированные нуклеотиды и оптические датчики. Комбинация полупроводниковых микрочипов и природной биохимии позволяет напрямую переводить биологическую информацию в цифровой вид. Секвенаторы Ion Torrent компактные и экономичные, с небольшой стоимостью прогона, по сравнению с другими производителями, подходят многим лабораториям как профессиональные системы.
Прибор Ion GeneStudio S5 Prime работает с чипами различной емкости: Ion 510™, Ion 520™, Ion 530™, Ion 540™ и Ion 550™,
что позволяет в день получать от 2 до 260 миллионов прочтений (2 чипа Ion 550™).
Приблизительное время работы инструмента Ion GeneStudio S5 для заданного типа микросхемы, длины чтения и количества чтений показаны в следующей таблице. Время выполнения показывает типичное время от запуска до доставки файла BAM (1 запуск / инициализация).
|
Тип чипа |
Количество прочтений млн |
Длина прочтения (выход) |
Время секвенирования и анализа (суммарно) часов |
||
|
Ion GeneStudio S5 Sequencer |
Ion GeneStudio S5 Plus Sequencer |
Ion GeneStudio S5 Prime Sequencer |
|||
|
Ion 510™ Chip |
2–3 |
200 п.н. 0.3–0.5 Gb |
4.5 |
3 |
3 |
|
400 п.н. 0.6–1 Gb |
10.5 |
5 |
5 |
||
|
Ion 520™ Chip |
4–6 |
200 п.н. 0.6–1 Gb |
7.5 |
3.5 |
3 |
|
400 п.н. 1.2–2 Gb |
12 |
5.5 |
5.5 |
||
|
3–4 |
600 п.н. 0.5–1.5 Gb |
12 |
5.5 |
5.5 |
|
|
Ion 530™ Chip |
15–20 |
200 п.н. 3–4 Gb |
10.5 |
5 |
4 |
|
400 п.н. 6–8 Gb |
21.5 |
8 |
6.5 |
||
|
9–12 |
600 п.н. 1.5–4.5 Gb |
21 |
8 |
7 |
|
|
Ion 540™ Chip |
60–80 |
200 п.н. 10–15 Gb |
19 |
10 |
6.5 |
|
Ion 550™ Chip |
100–130 |
200п.н. 20–25 Gb |
— |
11.5 |
8.5 |
Подбор чипов исходя из количества и вида образцов, которые вам нужно запустить, и
вывод данных, оптимальный для вашего приложения.
|
Тип чипа |
Ion 510™ |
Ion 520™ |
Ion 530™ |
Ion 540™ |
Ion 550™ |
|
Максимальная производительность (прочтения) млн |
3 |
6 |
20 |
80 |
130 |
|
Таргетное секвенирование ДНК Ion Torrent™ Oncomine™ Focus Assay |
• |
• |
• |
• |
• |
|
Секвенирование малых геномов (например, типирование бактерий с помощью
Ion Xpress™ Plus Fragment Library Kit) |
|
• |
• |
|
|
|
Секвенирование 16S рРНК (метагеномика)
(например, Ion 16S™ Metagenomics Kit) |
|
• |
• |
|
|
|
Секвенирование экзома
(например, Ion AmpliSeq™ Exome Panel) |
|
|
|
• |
• |
|
Таргетное секвенирование РНК
(например, Ion AmpliSeq™ made-to-order RNA panels) |
• |
• |
• |
• |
• |
|
Профилирование микро/малых РНК
(например, Ion Total RNA-Seq v2 Kit) |
• |
• |
• |
|
|
|
Таргетное секвенирование транскриптома
(например, Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit) |
|
|
|
• |
• |
|
Секвенирование полного траснкриптома
(например, Ion Total RNA-Seq v2 Kit) |
|
|
|
• |
• |
|
Преимплантационный генетический скрининг (ПГС)
(например, Ion ReproSeq™ PGS Kit) |
• |
• |
• |
|
|
Характеристики
| Первичный анализ данных | Torrent Suite |
| Вторичный анализ данных, аннотация | Ion Reporter™ |
| Форматы выходных данных | FASTQ, BAM, SFF, VCF |
| Число образцов, одновременно секвенируемых за 1 запуск прибора | 1 - 384 |
| Совместимость с чипами | on 510™, Ion 520™, Ion 530™, Ion 540™, Ion 550™ |
| Максимальная пропускная способность / день (тип чипа) | 50 Gb (чипы 2 иона 550) |
| Cкорость | 6,5 часов (чип Ion 540) 8,5 часа (чип Ion 550) |
| Объём памяти сервера | 25 ТБ |
| Производительность | от 2 до 260 миллионов прочтений |
| Вес основного блока | 63,5 кг |
| Размеры основного блока (Ш х Г х В) | 542 х 806 х 509 мм |
