войти
Геномный секвенатор Ion Torrent PGM
Описание
Секвенатор Personal Genome Machine (PGM) сочетает в себе технологию полупроводникового секвенирования с естественной биохимией для непосредственного перевода химической информации в цифровые данные, демократизации процесса и обеспечения его доступности для различных лабораторий. Система использует экспоненциальные улучшения в полупроводниковой промышленности, чтобы обеспечить масштабируемость и гибкость для различных приложений. Ion PGM System использует естественную химию секвенирования, которая устраняет необходимость в дорогостоящей оптике и уменьшает количество сложных химических веществ для измерения естественного расширения ДНК. Система использует прямое обнаружение последовательности в реальном времени, обеспечивая результаты секвенирования, как правило, через 3-7 часов.
Другие технологии секвенирования полагаются на оптические системы как мосты между информацией о химических и цифровых последовательностях. Эти системы обычно влекут за собой значительные дополнительные затраты. Благодаря относительно небольшим размерам, недорогим реагентам для секвенирования и простому пользовательскому интерфейсу сенсорного экрана, Ion PGM обеспечивает секвенирование следующего поколения (NGS) в вашей лаборатории. В сочетании с программным обеспечением Torrent Suite прибор выполняет предварительное выравнивание генов и выводит данные в формате BAM для легкого анализа. Он также может предоставлять доступ к веб-порталу для обзора и совместного использования данных.
Технология секвенирования, лежащая в основе Ion PGM System, использует хорошо охарактеризованный биохимический процесс: когда полимераза включает нуклеотид в растущую нить ДНК, ион водорода (H+) выделяется в качестве побочного продукта. Этот ион водорода несет заряд, который может обнаружить чип Ion PGM - по существу, самый маленький в мире твердотельный рН-метр. Поскольку секвенсор наполняет чип одним нуклеотидом за другим, любой нуклеотид, добавленный к шаблону ДНК, будет обнаружен как изменение напряжения. Если нуклеотид не соответствует определенному шаблону, изменение напряжения не будет обнаружено, и для этого шаблона не будет добавлено основание.
Основным компонентом системы Ion PGM является чип последовательности. Этот микропроцессорный чип включает в себя чрезвычайно плотную матрицу из более чем 1 миллиона микро-скважин, вступающих в контакт с проприетарным ионным датчиком. Каждая лунка содержит шаблон ДНК, позволяющий проводить многопараллельное секвенирование. Микросхемы могут масштабироваться конкретных приложений от целевых панелей до небольших геномов.
Поскольку Ion PGM обнаруживает включение нуклеотидов без использования света, ионная PGM-система использует простейшую химию секвенирования: естественные нуклеотиды. Нет необходимости в дорогостоящих и подверженных ошибкам модифицированных основаниях, ферментативных каскадах, хемилюминесценции или флуоресценции. Прямое обнаружение также означает включение каждого нуклеотида в секундах.Характеристики
| Процессор | Dual 6-core 2.66 GHz CPUs |
| Вместимость | 1 чип |
| Совместимость с чипами | Ion 314™ Chip v2 BC, Ion 316™ Chip v2 BC, Ion 318™ Chip v2 BC |
| Формат выходных данных | BAM, FASTQ, SFF, VCF |
| Внешний компьютер: | Torrent Server |
| Память прибора: | 48 GB RAM, Жесткие диски: 8х2 TB (RAID 5) |
| Операционная система: | Ubuntu 10.04 |
| Объем данных за запуск | Ion 314™ Chip v2: до 100 Мб, Ion 316™ Chip v2: до 1 Гб, Ion 318™ Chip v2: до 2 Гб |
| Длина прочтения: | 35–400 п.о. (средняя: 200) |
| Чтения за запуск | Ion 314™ Chip v2: 400-500 тысяч, Ion 316™ Chip v2: 2-3 миллиона, Ion 318™ Chip v2: 4-5.5 миллионов |
| Время выполнения: | Ion 314™ Chip v2: 2.3 до 3.7 часов, Ion 316™ Chip v2: 3 до 4.9 часрв, Ion 318™ Chip v2: 4.4 до 7.3 часов |
| Шкала последовательности: | От 3 Мб до 2 Гб |
| Пропускная способность: | до 2 Гб за один запуск |
| Габариты, см | 61 x 51 x 53 |
| Масса, кг | 30 |
